Amazon Neptuneは、プロパティグラフ (PG) モデルとそのオープンソースクエリ言語、または Apache TinkerPop Gremlin グラフトラバーサル言語を選択できます。または、W3C 標準のリソース記述フレームワーク (RDF) モデルとその標準 SPARQL クエリ言語を使用できます。Apache Spark、リレーショナルデータベース、およびドキュメント指向データベースは、Amazon Neptuneにサポートされているグラフモデルやクエリ言語ではありません。